蜈蚣阁历史的由来有以下两种说法：

蜈蚣阁民间传说始于明代，相传在明代海沧东屿将建王爷庙时，破土惊动触怒蜈蚣精，便经常扰乱地方安宁，王爷知悉便施法将蜈蚣精降伏收为徒，后蜈蚣精修成正果，被称为"百足真人"，于是当地人就模仿蜈蚣游走的样子，创造了"蜈蚣阁"的游艺形式。

当年保生大帝吴真人一生行医救济百姓，大多以蜈蚣为药引，后人为表示对他济世为民高尚品德的敬仰，就自发形成了蜈蚣阁这种祭拜民俗，村民们要把蜈蚣阁一直抬到青礁慈济宫进香。

"蜈蚣阁"表演与一般"彩阁"不同，通常由十几块至几十块木板连接组合而成。每块木板长1.5米至2米，宽40至50厘米，称为"阁棚"；每块"阁棚"之间以活榫相接，连成一串，又可灵活转动。又于卸接榫眼处横穿一根木棍，长度超过"阁棚"宽，用作肩扛用。