一、起源不同

1、进士科：进士科始于隋朝，是唐朝科举制度取士的科目之一。

2、明经科：明经，始于汉武帝时期，被推举者须明习经学，故以“明经”为名。龚遂、翟方进等皆以明经入仕。

二、废除时间不同

1、进士科：清末，多数书院都变成应举的预备机构，也被人们视为与学习西学为主的学堂相对立的旧学的堡垒。

2、明经科：嘉佑年间，又于进士、诸科外别设一明经科，分二经、三经、五经，考试时问大义十条，试时务策三条，出身同于进士，直至宋神宗时方废除。

三、考试内容不同

1、进士科：进士科除考经学和时务策以外，还要“加考诗赋”。

2、明经科：明经科考经学和时务策。