存在于植株各部分的褐色点状色素腺体中。棉酚及其衍生物约占色素腺体内含物的30～50%。棉株各部分棉酚含量与其色素腺的数目呈正相关。通常棉子种仁和花蕾中的棉酚含量最多，其次是叶片和茎秆，根是合成棉酚的主要器官。

在陆地棉种仁中，棉酚含量一般为1.2～1.4%。

因多酚类物质具有毒性，凡含有棉酚的棉子所榨出的棉子油和提取的棉子蛋白质，需经脱酚处理后，才能食用。

棉株的色素腺体可使植株对病虫具有一定的抗性，对不良环境也有较强的适应能力。