计算千分之六手续费的方法是(以500元为例):500x6/1000=3元，也就是说，500元扣除6%的手续费是3元。从纳税的角度来看，经营者收取的各种代理费应作为应税所得额缴纳增值税；扣除相关费用后的所得额还应缴纳企业所得税。