如果员工在工作中发生了工伤，导致企业需要变更营业执照，首先应该及时上报新的情况并申请办理营业执照的变更手续。需要提供相关的申请材料，并跟进审批进度。同时，企业还需要根据工伤保险相关规定，为工伤员工提供相应的医疗救治和补偿。

企业应该遵守法律法规，严格按照规定操作，保护员工的权益，确保企业的合法经营。