有区别：区别在于，

- 土地用途：永久基本农田是指为保障国家粮食安全和重要农产品供给，实施永久特殊保护的耕地。它主要用于农业生产，特别是粮食作物的种植。村庄集中建设区则是规划用于农村居民住宅、公共服务设施和农村产业发展的区域。

- 保护程度：永久基本农田受到更严格的保护，一般不得擅自改变用途或进行非农建设。而村庄集中建设区在规划和管理上相对更灵活，可以根据农村发展的需要进行建设和调整。

- 规划目的：永久基本农田的规划目的是确保耕地资源的可持续利用，保障国家的粮食安全。村庄集中建设区的规划目的是合理安排农村居民的生活和生产空间，提升农村基础设施和公共服务水平。

- 管理要求：对于永久基本农田，通常有更严格的管理要求，如耕地质量保护、土地整治等。村庄集中建设区的管理则更注重规划的合理性、建设用地的集约利用和生态环境保护。