锦衣卫在明朝洪武二十年（1387年）被朱元璋下令废除，当时朱元璋认为锦衣卫有滥用职权，依势作宠之态，于是将内外刑狱从锦衣卫职责中废除，交由法司处理 。然而，在明成祖时期，锦衣卫又得以恢复，并由北镇抚司专门处理诏狱。

直至1661年南明永历帝的锦衣卫指挥使马吉翔与掌卫事任子信于咒水之难被杀，才可以说是正式结束了长达290年的历史。

清朝入关以后，仿效明朝制度，仍然设立了锦衣卫，但在顺治二年（1645年），改称銮仪卫。