中国国务院对化肥的定价是通过实行基本农田保护制度来控制的。根据中国的基本农田保护制度，农村基本农田的保护和利用需要得到国家和地方政府的支持和保障，其中包括农业生产所需的农资价格和质量的保障。

在化肥定价方面，国家发改委会同有关部门根据市场供求情况、成本变化、宏观调控需要等因素，制定化肥价格政策，对涉及国家政策的化肥价格进行指导和调控，确保农民能够获得合理的化肥价格，同时维护化肥生产企业的合理利润。

此外，地方政府也可以根据当地的实际情况，对本地区的化肥价格进行适当调整和指导。需要注意的是，化肥定价是一个涉及到多个因素的复杂问题，需要综合考虑市场因素、政策因素和生产成本等多种因素，因此化肥定价政策可能会随着国家和地方政策的调整而发生变化。