车顶水渍发黄的处理方法需要先清洗车顶表面，可以使用汽车专用清洁剂或肥皂水和软毛刷进行清洗。

清洗完后，再使用汽车专用的漆面修复剂进行修复，根据水渍的程度选择合适的修复剂，使用海绵或软布均匀涂抹在水渍上，然后擦拭至干净。

最后，再用汽车蜡进行打蜡处理，增加车顶的光泽度和保护层。定期清洗和保养车顶可以延长车漆的寿命，保持车顶漂亮光泽。