根据法律规定，租房住一天合同违约扣除的费用应当以违约金的形式进行，而且不宜过高，因为违约金的大小应该是在考虑双方的实际情况下适当定出的。

一般来说，租房住一天合同违约扣除的费用应该是基于合同总租金的一定比例，通常是5%-10%之间，但也可能因合同条款而不同。因此，如果出现这种情况，建议双方先沟通协商，尽量达成一致，切勿随意违约。