以下是我的回答，长江干流主要生态环境问题包括水污染、水土流失、生物多样性减少和河道淤积等。随着工业化、城市化的快速发展，大量污染物排入长江，导致水质下降，生态系统受到威胁。同时，过度开发和不合理的土地利用加剧了水土流失，减少了生物多样性。此外，河道淤积也影响了长江的通航能力和洪水调控功能。这些问题需要综合施策，加强生态环境保护与修复。