在超市模拟器游戏中，清理纸箱子可以通过以下步骤完成：

首先，选中物品清理工具，然后将其放置在需要清理的纸箱上。

接下来，点击工具上的清理按钮，清理工具会自动将纸箱清理干净。如果需要将纸箱移动到其他位置，可以使用搬运工具来操作。清理纸箱可以保持游戏场景的整洁，减少道具的数量，同时也可以为其他物品腾出更多的空间。