根据南京市人力资源和社会保障局的规定，南京F类人才的限制条件包括：本科及以上学历毕业2年及以下，年龄不超过35周岁，有一定的专业技能或从事紧缺专业的工作经验，具备在南京市就业和稳定生活的能力。因此，F类人才的限制条件确实包括毕业两年内这一要求。