划拨自建房抵押的程序分为以下几步：

首先需要核实自建房产证的所有权人身份和产权情况，并进行评估；

然后签订贷款合同和抵押合同，进行抵押登记；

接着银行会委托专业机构进行房屋抵押评估，评估金额作为贷款的担保额度；

最后银行会向借款人发放贷款，并按期收取利息和本金，直到全部偿还完毕。