农民工保证金专户的办理需要前往当地人力资源和社会保障局办理，携带身份证、户口本、劳动合同等相关材料进行申请。

申请通过后，会开设一个专门的账户，将农民工工资中规定比例的保证金存入该账户，以保障农民工的权益。办理时需要注意提供真实有效的材料，并遵守相关规定和流程，确保保证金专户的正常运作。