K5494次列车从青岛北站到曹县站总共有18站，途经站点为青岛北站、蓝村站、胶州站、诸城站、五莲站、莒县站、沂水站、沂南站、临沂站、平邑站、泗水站、曲阜站、兖州站、济宁站、嘉祥站、巨野站、菏泽站、曹县站。该列车的运行全程为11小时36分钟。