鱼缸底部的粪便可以通过以下方法清除干净：

1. 使用鱼网或吸管清理：手动清理鱼缸底部的粪便，可使用鱼网或吸管等工具，轻轻地将其捞起或吸走。

2. 定期更换水：定期更换部分水量可以让底部的污物浮上来，然后再用鱼网等工具进行清理。

3. 使用过滤器：安装合适的过滤器可以帮助清理鱼缸底部的粪便和其他杂质。

4. 添加底部清洁剂：一些特殊的底部清洁剂可以帮助分解和清除底部的有机物质。

无论是哪种方法，都需要定期维护鱼缸并确保水质干净。