边境牧羊犬和萨摩耶的串串通常可以通过以下几个方面进行区分：

1. 体型：边境牧羊犬体型相对较小，通常重量在18-27公斤之间，而萨摩耶体型较大，重量在20-30公斤之间。

2. 毛发：边境牧羊犬的毛发较短，质地硬，通常是黑白、棕白等颜色，而萨摩耶的毛发较长，质地柔软，通常是白色或白色带灰色等颜色。

3. 眼睛：边境牧羊犬的眼睛呈椭圆形，颜色通常为棕色或蓝色，而萨摩耶的眼睛呈杏仁形，颜色通常为深棕色。