有保护。

太平天国对明孝陵的保护也是无可挑剔的。反而在天京陷落（太平天国灭亡时），明孝陵的地上建筑被乱兵焚毁，清廷严令曾国藩进行修缮。

清朝灭亡后，南京成为民国首都，孙中山先生也特意前往明孝陵祭拜，表达了“驱除鞑虏，恢复中华”的愿望。此时，除非民国官方派兵去炸明孝陵，否则明孝陵很难被盗窃。