北京动物园有两个熊猫馆，是因为其历史发展的原因。

最初的熊猫馆建于20世纪50年代，是一座以展示大熊猫为主的动物馆，主要展示来自中国的大熊猫。随着大熊猫在全球范围内的知名度不断提高，为了满足游客对大熊猫的观赏需求，北京动物园于1998年在原有熊猫馆的基础上，新建了一座以展示大熊猫为主，同时还展示其他珍稀动物的熊猫馆。

因此，北京动物园有两个熊猫馆，分别是奥运熊猫馆和熊猫馆。