上海市的住院自费补助政策是由上海市民政局负责实施的。根据上海市的规定，参加城乡居民基本医疗保险、城镇职工基本医疗保险和新型农村合作医疗等社会保险的医疗保险参保人员，在住院治疗期间，可以申请住院自费补助。

具体申请流程如下：

1. 住院治疗结束后，患者或其家属向所在的医疗机构提出申请；

2. 医疗机构核实患者的医疗保险参保情况，并出具住院自费补助申请表；

3. 患者或其家属填写申请表，并提交相关证明材料（如住院发票、费用清单等）；

4. 民政部门审核申请材料，并根据实际情况给予补助。

需要注意的是，每位参保人员每年最高可获得的住院自费补助金额为2万元。同时，申请补助时需要提供真实有效的申请材料，否则可能会影响到申请结果。

总之，上海市的住院自费补助政策适用于参加城乡居民基本医疗保险、城镇职工基本医疗保险和新型农村合作医疗等社会保险的医疗保险参保人员，符合条件的患者可以向所在医疗机构提出申请。