消灭巢虫的好方法主要有以下几种：

1. 换巢虫：定期更换巢虫，选择新鲜的饲料和换用新的巢础，可以减少巢虫的数量。

2. 药剂处理：使用专用的杀虫剂，按照使用说明进行操作，但需要注意安全，避免对人体造成危害。

3. 消毒：定期对蜂巢进行消毒，可以使用消毒剂或者开水消毒等，可以杀死一部分巢虫的虫卵。

4. 蜂螨控制：蜂螨与巢虫之间存在相互依存的关系，过度繁殖会加剧巢虫的问题。因此，控制蜂螨的数量也可以减轻巢虫的问题。

5. 换新脾：将有大量老劣子脾的老旧蜂脾，更换进干净没有病虫害的新脾，能有效解决巢虫问题。

以上方法可以根据实际情况选择使用，同时需要注意安全，避免对人体和蜜蜂造成伤害。