在都市天际线2中，跨过航线的火车轨道需要做一些特殊处理。首先，需要确保轨道的高度高于航线，以避免与飞机相撞。

其次，可以使用立交桥等建筑物来将轨道与航线分开，同时对桥梁进行加强设计，以承受列车运行时的重量。

此外，如有需要，还可以采取地下隧道或地面隔离带等方式，将轨道和航线隔离开来，确保安全。相信这些措施能够有效地保障城市的交通运输和建设安全。