一般来说，东莞牌新能源车是可以过户到深圳公司户的。但实际操作中，最好咨询当地车管所或相关政府部门，以获取最准确的信息和流程。过户流程可能包括填写申请表、提交车辆相关证件和资料、交验车辆等步骤。此外，还需要注意车辆的排放标准、使用年限等是否符合深圳当地的相关规定。

另外，如果车辆有贷款或抵押情况，需要先还清贷款或解除抵押，才能办理过户手续。同时，过户后车辆的所有权将转移到深圳公司名下，相关保险和税费等也需要进行相应的变更。

总之，过户前需要了解相关规定和流程，确保车辆符合相关要求，并准备好相关证件和资料，以确保过户手续的顺利办理。