吉州区建设银行目前共设有四家支行，分别是江西省吉州区分行、九江市吉安路支行、南昌路支行和理工大学支行。这四家支行涵盖了吉州区的主要商业区和人口密集区，提供了全方位、多元化的金融服务。

其中，南昌路支行和九江市吉安路支行是该行比较重要的大型支行，拥有较完整的业务体系。

理工大学支行则专注于为在校学生和教职工提供专属的金融服务。通过这四家支行，吉州区建设银行能够更好地满足当地居民和企业的金融需求。