巴音郭楞蒙古自治州下辖1个县级市、7个县、1个自治县，州府设在库尔勒市。

县级市

1.库尔勒市

库尔勒市，是新疆巴音郭楞蒙古自治州的地级行政区首府，位于新疆中部、天山南麓，是古丝绸之路中道的咽喉之地和西域文化的发源地之一。