现在的南京医科大学，拥有一级学科博士学位授权点8个、二级学科博士学位授权点54个、交叉学科博士学位授权点5个、专业博士学位授权点2个；一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点65个；博士后科研流动站6个。

在教育部的第四轮学科评估中，南京医科大学一共有6个学科参评，其中，公共卫生与预防医学获得A+，全国排名数一数二；其余的5个学科基础医学、口腔医学、临床医学、护理学等均为B类。