高速爆胎后，更换备胎后，不会计算超时费用。高速公路超时费用是指车辆在高速公路上行驶时，超过规定的行驶时间而需要缴纳的费用。根据《中华人民共和国公路法》和《中华人民共和国高速公路法》的规定，高速公路超时费用的计算方法是：超过规定行驶时间不满2小时的，收取车辆通行费2倍；超过2小时不满4小时的，收取车辆通行费4倍；超过4小时的，收取车辆通行费6倍。但高速爆胎后，更换备胎属于不可抗力因素，不属于车辆的正常行驶行为，因此不会计算超时费用。