两者之间的区别在于概念不同，所包含的意思也不相同。普通存单是普通存款时，银行提供的纸质存款凭证。而特种存单是指邮政银行的各级营业机构办理相应的储蓄存款业务中，在整存或整取单笔存款金额在10万（含）以上的，需要填写中国邮政储蓄银行整存整取定期储蓄特种存单。