国证军工指数和中证军工指数是中国市场上两个重要的军工主题指数，它们之间存在一些区别。

1. 基日：国证军工指数的基日是2004年12月31日，而中证军工指数的基日是2008年6月23日。

2. 成分数量：国证军工指数包括了30只成份股，而中证军工指数包括了50只成份股。

3. 选样方法：国证军工指数的选样方法是在A股市场上市值较大、流动性较好、基本面良好的全部非ST上市公司股票中选取，而中证军工指数的选样方法是在沪深市场中选取主营业务涉及航空、航天、船舶、兵器、军事电子和卫星等军用产品和技术等领域的上市公司股票。

4. 编制方法：国证军工指数采用自由流通市值加权，中证军工指数采用市值加权。

5. 样本调整：国证军工指数的样本调整较为频繁，而中证军工指数的样本调整相对较少。