办理万州公交客运资格证需要遵循以下步骤：

1.申请受理：首先，需要到具有营运驾驶员职业培训资格的机构报名参加职业培训。申请条件包括持有机动车驾驶证、非职业驾驶员培训结业证书。对于申请营业性道路危险货物运输、大型客车、汽车列车从业资格证，除了上述条件外，还需满足特定要求，如道路危险货物运输从业资格证要求持有道路普通货物运输从业资格证2年以上，大型客车从业资格证要求持有A照2年以上，汽车列车从业资格证书要求持有B照2年以上。

2.职业培训和约考：完成规定的培训内容和课时后，培训机构将学员申请登记表（附机动车驾驶证、非职业培训结业证、身份证的复印件）报送市级政管理机关审核和进行约考。市级运政管理机关对申请登记表进行审核，对符合条件的核发准考证。学员凭准考证和身份证参加由市级运政管理机构组织的理论考试和操作考试。考试结束后，市级运政管理机构将申请登记表、理论和操作考试成绩归档，制作营运驾驶员从业资格证，并凭学员准考证发放。

3.办理所需材料：包括公安机关三年无重大事故证明、身份证、机动车驾驶证。

4.办理流程：线下办理需向交通运输主管部门提出申请，参加相关考试合格后，通过网上便民政务系统下载《道路运输从业人员从业资格证》。线上办理可通过道路运输便民政务系统或“渝快办”平台完成注册、登录后，按网站要求提交相关资料申请办理。线上申请办理的需参加线下相关考试合格后，下载《道路运输从业人员从业资格证》。