东莞自建房无证的确权存在一定难度。因为在未经过城市规划和房屋建设主管部门审核批准的情况下擅自建房，其建房行为本身就属于违法的行为。同时，在无证建房的情况下，往往不存在任何法律、法规或政策依据来对其进行确权。虽然东莞市政府曾经推出过自建房认定办法，但这仅限于特定范围的房屋，其他无证自建房认定的标准并不统一，其确权需要考虑多种因素，具有一定难度。