自主招聘与新机制招聘的主要区别体现在招聘方式、待遇及编制情况等方面。
首先，自主招聘意味着单位在招聘员工时，对于招聘的人数、岗位及待遇等方面拥有较大的自主权，可以根据自身的需求和条件来决定。这种招聘方式更多地体现了单位的自主性和灵活性。而新机制招聘则往往有更为统一的招聘标准和程序，比如新机制教师招聘，通常是由省级主管部门统一招考，且有一定的服务期限。
其次，在待遇方面，自主招聘的单位可以根据自身情况设定工资待遇和福利，而新机制招聘的员工则往往执行国家统一的工资制度和标准，津贴补助等也会根据当地同等条件公办教师收入和中央补助水平综合确定。不过，无论是自主招聘还是新机制招聘，员工的基本权益和待遇都会得到保障。
最后，从编制情况来看，自主招聘和新机制招聘都有可能获得编制。然而，新机制招聘的员工在三年聘任期满后，如果愿意继续留在当地学校，可以将省人事编（临时性的）转入地方人事编制。而自主招聘的编制情况则因地区和单位而异。