1、理论上将是没有任何问题的，博士论文查重范围是其他已经毕业博士撰写的论文，不会查到国家自然科学基金，而国家自然科学基金申请时后的查重范围是基金委各类基金的数据库。

2、可还是建议你在提交前适当的调整一下语言，一般说来自然科学基金和博士论文的写作风格应该是略有区别的，基金讲究的是尽量凝练深刻，而博士毕业论文更偏重系统完整。

3、换言之基金写的都太少了，很多知识点和细节信息是不需要阐述的太多的，而博士论文该更加详细些。