预算单位专用存款账户通常是零余额账户。这是因为预算单位专用存款账户主要用于接受资金的存入和支出，而不是用于储存额外资金。一旦收到资金后，预算单位会尽快将资金用于相关的支出项目，因此账户余额通常为零。此外，由于预算单位必须按照国家有关财务规定进行账目管理和定期报告，零余额账户可以更容易地追踪和管理账目。