跑船罚款主要有以下原因：违反安全条例，包括未佩戴安全设备、在禁烟区吸烟；违反公司规定，如迟到、早退或不遵守船上规章制度；违法行为，如走私、偷盗或破坏船只财产；未能履行职责，如懈怠或失职；违反海事法规，如超速、违反航线或污染环境。

这些罚款旨在维护船上安全、秩序和效率，并防止非法行为和航行事故。