广州大佛古寺始建于南汉时期（917—971），名为新藏寺。元朝（1271—1368）易名为福田庵。明代（1368—1644）扩建，更名为龙藏寺。明末，寺址被改为巡按御使公署。清兵入粤时毁于战火，寺址沦为废墟。

康熙二年春，平南王尚可喜考访龙藏寺故址，自捐王俸重建广州大佛古寺殿宇，第二年冬建成 。