染色体核型和基因芯片一般有分辨率不同的区别。核型分析分辨率低，不能发现染色体，基因芯片为仪器自动化检测，数据结果相对客观。基因芯片为仪器自动化检测，数据结果相对客观。

核型分析结果的判断相对简单，基因芯片结果往往需要大量的数据比对。

核型分析需要新鲜细胞培养，基因芯片检测对象为DNA，不需要细胞培养，成功率较高。