柑橘脱毒苗与普通苗木的主要区别在于其生长特性与种植目的。脱毒苗经过生物技术处理，不易感染上代植株的基因病毒，生长健壮，枝条发达，结果时间提前一到两年，具有明显优势。

而普通苗木则直接从普通植株种子中获取，感染病毒的概率较大，其种植目的主要是为了种植而非高产。