财政专户的管理办法总体可分为财政专户的设置、内部管理、内部组织架构、财务公开和审计，以及财政专户操作的守则。

其中，财政专户的设置主要是针对财政专户本身，其中包括财政专户的设立、存续期限、使用范围、账户名称和类型等。

内部管理是指关于财政专户户口的内部管理，包括金额的划拨、凭证的签订、结算的复核、收支的记录、交易的文书化等。

组织架构是指关于财政专户的组织结构，包括管理职责的规定、账户的经理人、结算机构的设置、系统的维护等。

财务公开和审计指的是对财政专户的管理过程中，应当郑重遵守的规则和准则，具体包括决算公布、账户内资金的监督、变动信息的公开等内容。