南水北调工程中，河流的穿越主要是通过建设穿河隧道来实现的。

以黄河为例，南水北调中线工程穿越黄河的部分被称为穿黄工程。这个工程通过在黄河下方建设隧道，使水流在黄河下方流向北方。具体来说，穿黄过河隧洞的进口为斜井，出口为竖井，退水设施位于黄河南岸。利用倒虹吸原理和水流自身重力差，实现由南向北的流向。