一是活疫苗的疫苗毒株没有灭活，是弱毒活疫苗,而灭活疫苗的毒株丧失了活性。

二是免疫力产生时间不同。活疫苗接种后抗体产生的快，但持久性短。灭活苗产生抗体来得慢，但维持时间较长。

三是活疫苗免疫后猪的反应比灭活疫苗大，灭活疫苗反应小。