支付宝ETC和高速ETC在功能和使用上其实是没有本质区别的。它们都是电子不停车收费系统，都通过微波专用短程通讯实现车辆在路桥收费站的快速通行，无需停车缴费，大大提高了通行效率。

然而，它们在申请和办理流程上有所不同。支付宝ETC是在支付宝平台上进行申请和办理的，相对更为便捷，用户可以直接在支付宝上完成相关操作。而高速ETC通常需要在银行或其他相关机构进行申请，可能需要填写更多的表格，提供相关的证件和资料，流程相对繁琐一些。

总的来说，支付宝ETC和高速ETC都是为了方便车主出行，提高通行效率而存在的，用户可以根据自己的需求和习惯选择适合自己的办理方式。