要设定自定义坐标系，需要遵循以下步骤：

1.确定坐标系的类型和参数：自定义坐标系可以是平面坐标系或球面坐标系。在确定坐标系类型后，需要确定坐标系的参数，如中心经度、中心纬度、投影方式等。

2.导入空间参考数据：导入空间参考数据是设置自定义坐标系的第一步。可以使用标准的坐标系统文件如.prj文件或.proj4字符串，也可以手动输入参考坐标系的参数。

3.创建自定义坐标系：在空间参考数据导入后，可以在GIS软件中创建自定义坐标系。在创建自定义坐标系时，需要设置投影类型、地理参考系、坐标单位等参数。

4.测试和验证：创建自定义坐标系后，需要测试和验证其是否正确。可以使用坐标变换工具、坐标转换工具等进行测试和验证。

总之，设定自定义坐标系需要了解坐标系的基本原理和参数，同时需要使用专业的GIS软件进行操作。