职工社保多年未交，且未办理停缴手续，在这种情况下，您交的新农合仍然是有效的。

社保和新农合是两种不同的社会保障制度，它们之间并不存在互斥关系。职工社保主要包括养老保险、医疗保险、失业保险等，而新农合主要是针对农村居民的医疗保险制度。尽管两者在某些方面有一定的重叠，但它们分别独立运行，互相不影响。

因此，即使您的职工社保多年未交，也不会影响您新农合的效力。只要您按时缴纳新农合保费，您就可以享受新农合的医疗保险待遇。

然而，需要注意的是，如果您长时间不缴纳职工社保，可能会影响您在职工社保方面的权益。根据我国相关政策，长时间不缴纳社保费用可能会导致社保待遇的丧失，如养老金、医疗保险待遇等。因此，在处理职工社保问题时，建议您根据自身实际情况，权衡利弊，适时办理相关手续。