亚甲基蓝和甲基蓝是完全不同的两种药物。

亚甲基蓝是淡蓝色晶体，甲基蓝是白色粉末，亚甲基蓝顾名思义，是经过甲基蓝化学分式变式得来的，因此它们的组成成分也大不相同，甲基蓝不能起到治疗鱼类疾病的作用，同时还能诱发疾病。

亚甲基蓝主要针对一种鱼类常见病，即黑斑病，这种病一般都是由于鱼缸内清洁不足导致，大量病菌附着在鱼类的表皮鳞片上，恶化成黑斑。亚甲基蓝对这种病能起到很好的治疗作用，同时在日常喂养中，将它撒在鱼缸中也可以起到消毒杀菌的作用。