微山运河古镇和微山古城都是具有历史文化底蕴的景点，但存在以下区别：

微山运河古镇位于山东微山县境内的南阳湖中，始建于战国时期，已有两千多年历史。古镇由主岛和多个自然小岛组成，岛上房屋俨然，与古镇一起构成一幅水乡泽国的美丽画卷。古老的京杭大运河穿镇而过，街道依河而建，商铺傍河临街，形成了江北水乡的独特景观和深厚的运河文化底色。

而微山古城则位于云南省大理州巍山彝族回族自治县，始建于元代，如今风貌依然。古城内街道以拱城楼为中心，呈标准的井字结构建设，共有25条街道，18条巷，全长14公里。城内房屋基本保持了中式结构，南、北主轴线两侧的房屋则完整地保存了明、清时代的建筑式样和风格。

综上所述，微山运河古镇和微山古城在地理位置、历史背景、建筑风格等方面都存在一定的区别。但无论选择哪个景点，都能让人感受到深厚的历史文化底蕴和独特的自然风光。