荒野大镖客2雷霆修改器的手柄操作方法如下：

1. 首先，确保你已经安装了荒野大镖客2雷霆修改器。

2. 进入游戏后，按下F3键打开修改器界面。

3. 接下来，根据你的手柄配置，使用以下键位进行操作：

- 方向：上、下、左、右（对应键盘上的W、S、A、D键）

- 快速移动：按下F9键

- 子弹时间：按下K键开启或关闭

- 飞行模式：按下W、S、A、D键控制飞行方向，空格键上升，Ctrl键下降，Shift键加速

4. 如果你需要恢复游戏原始设置，可以尝试重启游戏或删除修改器相关文件。

需要注意的是，使用手柄操作时，某些功能可能不如键盘方便。建议你在游戏中尝试各种组合键，以找到最适合自己的操作方式。同时，使用修改器时请谨慎，避免过度修改导致游戏崩溃或封号。