农村自建房三层联排的新风机安装位置，需综合考虑通风效果、噪音影响及空间布局。

一般来说，新风机可安装在室内吊顶内，最好选择在进门对面或斜对面，但应确保距离门口较远，避免气流回流。同时，新风机安装位置应尽量远离床头，以免噪音干扰睡眠。此外，还需注意新风机与风道的连接，尽量减少弯口，确保空气流通顺畅。总之，新风机安装位置需根据实际情况灵活选择，以达到最佳的通风效果。