补发工资60000需要扣除12850元的个人所得税。

因为个人所得税采用累计预扣方法，按年度累计的收入超过起征点后会有相应的税率逐级递增。

补发工资也是一种收入，需要计入累计收入中进行计算。

根据当前的税率表，月度应缴纳税额为（60000-5000）*20%-555，即11545元，但是因为累计需要扣除的数额已经达到12850元，所以实际需要扣除12850元的个人所得税。

需要注意的是，个人所得税的计算会受到各种因素的影响，如是否有子女、是否有房贷等等，具体需要根据个人情况进行计算。